Niezależnie od tego, jaki przypadek śmierci jest badany przez biegłego w postępowaniu sądowym, biegły staje przed dylematem, czy i jak wypowiadać się na temat okoliczności nieznanych. Choć jego zdaniem jest przede wszystkim oddzielenie dających się ustalić faktów od okoliczności nieznanych i niedostępnych wiedzy medycznej, to warunki, w jakich wydawane są opinie, często utrudniają kierowanie się rzetelnością naukową. Należy zwrócić uwagę, że cel postępowania karnego nie jest zbieżny z celami naukowego badania, a opinia biegłych jest wykorzystywana instrumentalnie dla celu postępowania karnego.
Kodeks Postępowania Karnego przewiduje, że podejrzenie przestępnego spowodowania śmierci powoduje zawsze konieczność przeprowadzenia oględzin i otwarcia zwłok z udziałem biegłego lekarza, w miarę możności z zakresu medycyny sądowej. Oględzin zwłok dokonuje się na miejscu ich znalezienia. I choć przepis stanowi, że do czasu przybycia biegłego oraz prokuratora lub sądu przemieszczać lub poruszać zwłoki można tylko w razie konieczności, często zdarza się, że przybyli nie są w stanie ustalić, jak wyglądał moment śmierci i w jakim stanie był w tamtej chwili organizm zmarłego. Samego otwarcia zwłok dokonuje zawsze biegły lekarz, w miarę możności z zakresu medycyny sądowej, w obecności prokuratora albo sądu. Przepis dodaje, że do obecności przy oględzinach i otwarciu zwłok można, w razie potrzeby, oprócz biegłego, wezwać lekarza, który ostatnio udzielił pomocy zmarłemu.
Z oględzin i otwarcia zwłok biegły sporządza opinię. Do wydania opinii nie zawsze, ale tylko wtedy, gdy uzna to za konieczne, sąd lub prokurator udostępnia biegłemu poszczególne dokumenty z akt sprawy lub uwierzytelnione kopie tych dokumentów. I tylko w miarę potrzeby, ocenianej przez prokuratora lub sąd, biegłego wzywa się do udziału w przeprowadzeniu dowodów. Brak pełnej kontroli nad udostępnianymi aktami i gromadzonymi dowodami jest oczywistą przeszkodą w dochodzeniu przez biegłego do rozróżnień między tym co wiadomo, a czego nie.
Forma opinii jest określona art. 200 KPK. Powinna ona zawsze zawierać:
1)imię, nazwisko, stopień i tytuł naukowy, specjalność i stanowisko zawodowe biegłego;
2)imiona i nazwiska oraz pozostałe dane innych osób, które uczestniczyły w przeprowadzeniu ekspertyzy, ze wskazaniem czynności dokonanych przez każdą z nich;
3)w wypadku opinii instytucji – także pełną nazwę i siedzibę instytucji;
4)czas przeprowadzonych badań oraz datę wydania opinii;
5)sprawozdanie z przeprowadzonych czynności i spostrzeżeń oraz oparte na nich wnioski;
6)podpisy wszystkich biegłych, którzy uczestniczyli w wydaniu opinii.
Zakres opinii czyli teza dowodowa lub pytania do biegłych formułuje sędzia lub prokurator z ewentualną pomocą stron procesu i ich pełnomocników. Nie są to osoby znające się na rzeczy i ich pytania mogą rozmijać się z istotą problemu, mogą też w bardziej lub mniej czytelny dla biegłego naprowadzać go na sformułowanie tezy rozstrzygającej sprawę zgodnie z czyimś zamysłem.
Choć biegłemu nie wolno wykraczać poza zakres tezy dowodowej, to powinien jednak zasygnalizować wątki, które z naukowego punktu widzenia nie mają znaczenia dla sprawy. Powinien także wskazać zagadnienia, które powinny być opracowane, a które wykraczają poza tezę dowodową. Podobnie, ma obowiązek wskazać granice swojej ekspertyzy naukowej i konieczność powołania innych biegłych do zbadania zagadnienia wynikającego z zadanych pytań. Ta kompetencja biegłego jest tym ważniejsza, że organ procesowy może wprowadzić zmiany co do zakresu opinii oraz stawiać pytania dodatkowe.
Wydanie opinii uzupełniającej lub opinii innych biegłych jest konieczne wtedy, gdy wydana opinia jest niepełna lub niejasna albo gdy zachodzi sprzeczność w samej opinii lub między różnymi opiniami w tej samej sprawie. Biegłemu powołanemu z tego względu, że wydana przez innego biegłego opinia jest niepełna lub niejasna albo sprzeczna z innymi opiniami w tej samej sprawie, przed wydaniem opinii nie powinno się udostępniać tych innych opinii.
W trudnych warunkach opiniowania na potrzeby toczącego się postępowania karnego biegły powinien umieć zachować swoją odrębność i zwrócić uwagę organom procesowym na każdy brak danych uniemożliwiający mu przeprowadzenie badań zgodnych z fachową metodyką i wyprowadzanie wniosków. Powinien też odmówić wydania opinii w kwestiach, w których pytanie nie zostało zadane w sposób umożliwiający mu swobodne i rzetelne opracowanie tematu.
Niemożność ustalenia okoliczności śmierci w warunkach opiniowania powinna zawsze być w sposób wyraźny wyartykułowana przez biegłego. Jednocześnie jednak biegły powinien wskazać, jakie dane mogłyby przybliżyć zainteresowanych do wiedzy i możliwości wydania opinii uzupełniającej.
