Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że ustawowy obowiązek poddania się szczepieniom ochronnym uchyla prawo pacjenta do odmowy wyrażenia zgody na określone świadczenia na podstawie art. 16 ustawy z dnia z dnia 6 listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta (Dz.U. z 2020 r. poz. 849 , ze zm.) ponieważ prawo bardziej ogólne jest uchylane przez szczególne, w myśl zasady Lex specialis derogat legi generali.
Z perspektywy wolności osobistych i praw pacjenta należy się zastanowić, czy szczepienie nie powinno być rozpatrywane na równi z innymi przewidzianymi ustawą świadczeniami, zarówno tymi obowiązkowymi, jak i nieobowiązkowymi, tymi powszechnie dostępnymi i publicznie refundowanymi, jak również świadczeniami dostępnymi tylko prywatnie i w indywidualnych wskazaniach. Na równi z wszystkimi świadczeniami zdrowotnymi bez wyjątku.
Założenie, że świadoma zgoda dotyczy wszystkich świadczeń jest bowiem kluczowe dla istoty tej zgody. Z tej perspektywy porównanie wolności pacjenta z obowiązkiem szczepień nie daje już oczywistego wyniku. Dodajmy do tego, że prawo do świadomej zgody albo odmowy świadczeń nie jest prawem przyznanym ustawą, ale wynika z konstytucyjnie uznanej godności człowieka i wolności osobistej. Jest więc w hierarchii źródeł prawa wyżej niż ustawa zwykła. Tymczasem prawo o wyższej randze hierarchicznej zawsze uchyla prawo o niższej randze. Jest to więc konflikt prawa ogólnego o randze wyższej z prawem szczególnym o randze niższej. Kolizja dwóch zasad: Lex specialis derogat legi generali z zasadą: Lex superior derogat legi inferiori rozstrzygana jest na korzyść drugiej. Lex lex inferior specialis non derogat legi superiori generali. Dylemat ten jest poważniejszy aniżeli relacja dwóch ustaw zwykłych wobec siebie i jego rozwiązanie wymaga odwołania się do zasad konstytucyjnych. Pytanie, czy na poziomie Konstytucji ustrojodawca rozstrzygnął konflikt między wolnością indywidualną a obowiązkami sanitarnymi?
Nawet jeśli wyjątek od wolności w tym przypadku jest uzasadniony zdrowiem publicznym i usankcjonowany prawnie, to ważenie tych dóbr musi odwoływać się do rzeczywistego ich obrazu w konkretnym przypadku. Problem nie powinien być zbywany upraszczającym, ale fałszywym rozwiązaniem, jakoby każdy obowiązek publiczny automatycznie uchylał wchodzącą w z nim w kolizję wolność osobistą lub obywatelską. To oczywiście nieprawda.
Zarazem dobro publiczne według Konstytucji niekiedy uchyla wolności osobiste. Jednak w sytuacji, gdy według aktualnej wiedzy medycznej istnieją wątpliwości co do skuteczności danego szczepienia dla zdrowia publicznego, a więc w sytuacji, w której istnieją uzasadnione wątpliwości co do samego istnienia konkurencyjnego dobra, sprawa wymaga szczególnej uwagi. Administracyjny reżim jako taki nigdy nie przeważa bowiem nad wolnością osobistą. Zabezpiecza on wartość, jaką jest dyscyplina społeczna, ale ta uważana jest za ważniejszą od wolności tylko w stanach wyjątkowych, stanach zagrożenia bytu wielu wartości chronionych lub bytu państwa jako organizmu, który zabezpiecza cały porządek konstytucyjny.
W pozostałych przypadkach przełamanie niezgody na szczepienie administracyjnym przymusem wymaga przekonujących medycznych argumentów potwierdzających celowość takiego szczepienia dla zdrowia i bezpieczeństwa publicznego.
